性行為・キスなどにより粘膜に感染する。

　（咽頭・尿道）男性のみ
　（膣内） 　　　女性のみ

相手が咽頭感染している場合通常のキスでは感染する可能性は低いが、ディープキスの場合は感染率が高くなる。
感染後数週間で発症するが、無症状の場合もある。男性の場合は、尿道から透明な膿が出る。痛みを伴う場合もある。
女性の場合はおりものが増える事があるが、自覚症状はとぼしい。

治療せずに放置しておくと、クラミジアが体内深部に進行し、男性の場合は尿道経由で前立腺炎・副睾丸炎（精巣上体炎）・肝炎・腎炎になる事がある。女性の場合は子宮頸管炎・子宮内膜炎･卵管炎になり、進行すると骨盤腹膜炎になったり肝周囲炎や卵巣炎を引き起こし、子宮外妊娠（卵管妊娠）や不妊の原因となる事もある。また産道感染により、新生児が結膜炎・肺炎を発症することがある。

また,絨毛膜羊膜炎をおこし流産、早産の原因ともなる。自覚症状にとぼしいため、感染に気づかず保菌している場合が多々ある。喉に感染すると喉が痛くなり痰が増えたりするが、無症状の場合もある。クラミジアに感染していると、他の性行為感染症やHIVの感染率が飛躍的に高くなる。

男性の場合は泌尿器科・性病科、女性の場合は産婦人科・性病科を受診。 咽頭感染の場合は耳鼻咽喉科。 性器感染の場合は患部から体液を採取、もしくは採尿し、クラミジアの有無を調べる。

どこに感染しても治療法は同じで、抗生物質・抗菌剤を2週間程度（薬によっては一度の服用で効果を得られるものも）投与する事で治療できる。

症状は、数日でなくなる事が多いが完全に死滅していない事があるので、医師の指示通り服用する。薬に耐性のある耐性菌も増加している。

途中でやめた場合ぶり返したり、菌が薬剤に対して耐性を持ってしまい症状が悪化したり、治りにくくなることがあるため、医師から完治の診断が出されるまで定期的に通院することが望ましい。